房山研究站实行开放、流动、联合、竞争的运行机制，积极面向国内外开放，开展多种形式的国内外交流与合作。 在运行机制上，研究站做了以下具体规定：
（1）本研究站归属自然资源部科技与国际合作司管理。接受省级自然资源资源行政主管部门对野外研究站的建设指导及日常监督管理。
（2）设立研究站管理办公室。设主要负责制定野外研究站管理制度、协调建设单位关系、研究站日常工作等。将研究站生产、经营、管理全过程，运用系统管理的原理和方法将相互关联,提高实现目标的有效性和效率。
（3）成立研究站专家学术委员会，由自然资源部科技专家咨询委员会委员以及中国土地学会、中国地质学会等有关专家组成，负责组织开展研究站建设相关科学研究和业务交流及宣传等活动，为野外研究站建设提供咨询。
（4）野外研究站成员单位具体负责研究站的建设、保护和科学研究工作。主要职责为：提出野外研究站建设与发展规划建议；负责开展野外科学观测、监测、科学数据的采集、研究，开展多站联网观测、长期连续观测；制定观测程序和标准规范，建立数据共享机制；开展基础设施和保障条件建设；培养野外科技人才。
（5）实行研究站站长负责制，研究站站长负责召集研究站委员会全体会议，建议召开管理委员会或学术委员会会议，组织研究站重大事项的讨论、审议及形成决议。副站长协助站长开展工作，上方山共享实习教学研究站教学管理，设立共享实习研究站负责人管理制度，专门管理研究站教学事务，同时配合站长开展教学和科研相结合的工作。
（6）研究站申请承担的各项科研、开发项目，由双方相互支持，整合资源，统筹安排，以保证课题项目的顺利完成，技术成果的有效产出。
（7）研究站申请承担的科研、开发项目所涉之资金及设备，由研究站委员会协商后根据各自承担的任务合理分配、使用，其管理则委托双方单位的业务主管部门、财务部门负责。
（8）研究站之共同项目研发过程中形成的知识产权归双方单位共有，如发生价值效益则根据具体情况另行商议决定。
（9研究站共同研发项目中基于技术成果的文章发表，由双方的课题参与人员协商确定。
（10研究站根据学科发展的需要，不定期相互推荐、聘请兼职教授或兼职研究员及兼职博士生导师。
（11）研究站积极开展多种形式的学术交流，活跃学术氛围，互派专家、学者讲学，共同举办高水平的学术会议、研讨班等。
（12）研究站坚持“理论与实践相结合”的人才培养传统，为各大合作单位学生和技术人员提供实习研究站，为研究生的联合培养创造研究实习的有利条件。
制度建设：
为了加强规范化、制度化管理，确保各项工作的高效、顺利运行，研究站在建立之初就制定了相关管理章程，并逐渐建立健全了仪器设备管理制度、研究站运行日常工作制度、观测数据保密与开放共享制度、科技成果应用转化制度等一系列重点研究站运行机制和规章制度。
来自于研究站建设单位各自依托研究站建设完善自身基础科研条件，升级改造经费。 包括上方山国家森林公园的林场维护建设费、消防监测工程建设费，房山世界地质公园运转经营经费、 科普活动经费；中国地质大学（北京）教学研究站建设费、学生实习部分设备材料费等。
研究站建设单位依托研究站研究成果获得的各项重点研发计划支持经费、科技创新项目经费、 重大行业专项科研经费以及地方委托横向项目的实验研究经费等。
其他相关国土资源调查技术方法研究的实验和设备测试开发等工作落到到实验场地， 开展实习场地设备资源的添置维护改造等经费。
研究站研发的各类调查装备技术，特别是空天地一体化无人机国土资源快速调查技术的推广应用和对地方的服务，
以及各类信息化观测平台大数据系统集成技术的实地落地应用服务所获得的各项科技成果转化、服务报酬，
反哺到研究站改善实验条件，补贴实验材料和人员费用等。
经费使用各建设单位严格按照各单位的财务要求开支，研究站不收取任何实质性的经费，各种经费以设备、
材料、环境改善实物投资建设的形式和人员野外工作劳务的形式按规定使用。
主管单位和建设单位牵头或协助研究站开展相关涉及自然资源调查、规划、灾害、空 间信息技术等综合技术的科研项目，获批系列项目，有力支持了研究站的建设和研究工作， 研究站总经费达到4917.8万元，其中国家投入 347万元。相关经费支撑了研究站观测、设备、 维护和运行经费。主管单位北京市规划与自然资源委员会从政策上鼓励科研项目申报向研究站倾斜， 为研究站提供充足科研观测活动项目和经费，共投入1416.5 万元，满足研究站运行。各建设单位积极配 合研究站建设，主管领导带头，抽专人对接研究站各项科研活动，主动维护研究站科研设备正常运行， 从单位本身运行费用中投入 3154.3万元支持各项科研活动的开展和运行，并积极促成研究站科研研发 产品的落地，服务建设单位自身和积极推荐拓展相关成果的应用。
2020年度研究站在举国抗疫的严峻形势下，能够克服困难，利用各种形式积极开展研究站的各项科研、 实验、教学、科普和学术交流活动，推动了研究站的各项工作进展，特别是利用研究成果积极服务于 抗疫活动和自然资源领域各项新政策、举措、技术的研发、应用和推广，获得的大量观测数据和重要 研究成果，培养了一批自然资源领域骨干技术人才。研究站团队在大疫之年，较好地完成研究站各项 工作，工作成效显著，达到考核要求。
